La composición y la calidad de la dieta pueden influir en el desarrollo y la función del sistema digestivo, incluyendo el sistema inmunológico y la microbiota. Hay muchos factores de la dieta que afectan negativamente la salud del GIT: fibras, inhibidores de tripsina, fitato, lectinas, proteína no digerida en el GIT distal, micotoxinas, microorganismos patogénicos y putrefactos, dietas desequilibradas, la temperatura durante la fabricación, una mala calidad del agua, el tamaño de las partículas de pienso, la granulación, ciertos programas de vacunación, etc.